Op 2 januari 1967 wordt het eerste gezinsvervangend tehuis van stichting Paus Johannes XXIII geopend. Het betreft huize Giovanni aan het Eendrachtsplein 16 te Rotterdam. Het pand is niet in eigendom maar wordt gehuurd. Er is plaats voor zestien bewoners, in het eerste jaar wonen er veertien.

In 1966 wordt de ‘Stichting Vrienden van Paus Johannes XXIII Rotterdam’ opgericht. Het is een steunfonds dat giften van particulieren beheert en waaruit in de loop der jaren niet-subsidiabele projecten en activiteiten zijn gefinancierd. Het fonds bestaat nog steeds; voorzitter is Simon Schaap, een van de oprichters van stichting Paus Johannes XXIII.

Op 28 december 1965 wordt stichting Paus Johannes XXIII te Rotterdam opgericht. Initiatiefnemer is het bestuur van de rooms-katholieke stichting Sociaal-pedagogische zorg St. Jozef-Zorg, dat hiervoor de ‘commissie institutionele voorzieningen’ instelt. Het doel is ‘duurzame huisvesting en algehele verzorging en begeleiding van geestelijk gehandicapten, waarvan huisvesting, verzorging en begeleiding in de familiekring niet (langer) mogelijk is, een en ander ten einde de zelfstandigheid en zelfredzaamheid van de gehandicapte te bevorderen en te behouden, en de gehandicapte te betrekken bij het dagelijks leven in stad en dorp’.

Het werkgebied van de stichting omvat het gebied van het toenmalige Openbaar Lichaam Rijnmond en de gemeenten Bleiswijk, Berkel en Rodenrijs en Bergschenhoek. Totaal bijna 666 vierkante kilometer en ruim één miljoen inwoners.

Het eerste bestuur van ‘de Paus’ bestaat uit zenuwarts Theo van der Werf (voorzitter), pater Herman Bosman (secretaris), accountant Simon Schaap (penningmeester), en kandidaat-notaris F.C.A. van Esch (lid). Deze laatste legt in 1967 zijn bestuursfunctie neer. Zijn plaats wordt ingenomen door bouwkundig ir. J. de Groof.  

Het bestuur van stichting Paus Johannes XXIII bestond van 1965 tot 1990 uit de volgende leden:  

• Mr. M.J.M. Boelen, penningmeester, 1975-1987
• A. Bogaards, penningmeester, 1986-1990
• H. J. M. Bosman †, secretaris, 1965-1990
• Mr. F. C. A. van Esch †, lid, 1965-1967
• Ir. J.M. de Groof, lid, 1967-1971
• Mr. T. J. de Mol, lid, 1971-1990
• Drs. S. Schaap, penningmeester, 1965-1972
• Mr. J. Schoonaard, voorzitter, 1978-1990
• Dr. Th. van der Werf †, voorzitter, 1965-1978 (van 1978 tot 1982 directeur)