Nagenoeg alle computers binnen de stichting - allemaal al lang afgeschreven - worden met het oog op de gevreesde millenniumovergang vervangen. Uiteindelijk verloopt de overgang van de twintigste naar de eenentwintigste eeuw, zoals in de rest van Nederland, probleemloos.

Op 13 januari 1998 overlijdt pedagoog Herman Bosman. Hij was één van de oprichters van stichting Paus Johannes XXIII. 

De stichting intensiveert de samenwerking met andere zorgaanbieders in het gehele werkgebied. Dat varieert van samenwerking voor cliënten op het gebied van intensief begeleid zelfstandig wonen, tot die voor ouder wordende cliënten die specialistische thuiszorg en verpleeghuiszorg nodig hebben.

Op 24 mei 1997 wordt het eerste congres voor alle cliënten georganiseerd. De naam van het congres is 'Ik ben ik', het uitgangspunt is ieder mens is een individu. Het congres werd georganiseerd door de centrale cliëntenraad en het aantal deelnemers waren er meer dan honderd.  

Op 1 januari 1996 treedt de regeling persoonsgebonden budget in werking. Daardoor kunnen mensen die hiervoor geïndiceerd zijn voortaan zelf bepalen welke zorg zij inhuren. Een van de doelen van de rijksoverheid is het stimuleren van vraaggestuurde zorg.

De bestuurlijke structuur van de stichting verandert. Het bestuur trekt zich terug in de positie van toezichthouder en wordt raad van toezicht. De raad benoemt algemeen directeur Egbert de Bruin tot algemeen directeur/bestuurder. Niet lang daarna worden er adjunct-directeuren benoemd. Eerst Herman de Ruiter en later ook Wietse de Lege.

Bi$on wordt opgericht, een woonvoorziening voor cliënten die intensieve opvang en specifieke methodische begeleiding behoeven. Er komt een Bi$on-voorziening in het Westland en een in Rotterdam.

In gezinsvervangend tehuis de Hoekstêe (Rotterdam - Schiebroek) ontstaat een nieuwe vorm van zorg onder het overigens voor alle burgers geldende motto: ‘iedereen moet zo lang mogelijk in zijn eigen huis kunnen blijven wonen’. Verpleeghuis De Rustenburgh staat medewerkers af, die in de Hoekstêe aanvullende verpleeghuiszorg bieden aan vier ouder wordende cliënten van Paus Johannes XXIII. Dit initiatief vindt later elders binnen de stichting navolging.

Op 14 oktober 1996 overlijdt zenuwarts Theo van der Werf. Hij was één van de oprichters van stichting Paus Johannes XXIII. 

Het in februari 1994 opgezette 'masterplan' om alle accomodaties van de stichting aan te passen aan de eisen van de tijd, krijgt eindelijk het groene licht van het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport. De verbouwingen gaan van start en duren voort tot het einde van de jaren negentig.

Tevens wordt in 1994 een cliëntvertrouwenspersoon aangesteld.

Verder wordt in 1994 vrijetijdsclub Groene Wetering opgericht voor cliënten die moeite hebben met de invulling van hun vrije tijd. Groene Wetering weet in de loop van zijn bestaan honderden cliënten aan zich te binden.

Op 20 september 1994 werd de bewonersraad van de gehele stichting Paus Johannes XXIII officieel geïnstalleerd. Later werd de naam bewonersraad omgedoopt in centrale cliëntenraad.