Op 1 januari 1996 treedt de regeling persoonsgebonden budget in werking. Daardoor kunnen mensen die hiervoor geïndiceerd zijn voortaan zelf bepalen welke zorg zij inhuren. Een van de doelen van de rijksoverheid is het stimuleren van vraaggestuurde zorg.

De bestuurlijke structuur van de stichting verandert. Het bestuur trekt zich terug in de positie van toezichthouder en wordt raad van toezicht. De raad benoemt algemeen directeur Egbert de Bruin tot algemeen directeur/bestuurder. Niet lang daarna worden er adjunct-directeuren benoemd. Eerst Herman de Ruiter en later ook Wietse de Lege.

Bi$on wordt opgericht, een woonvoorziening voor cliënten die intensieve opvang en specifieke methodische begeleiding behoeven. Er komt een Bi$on-voorziening in het Westland en een in Rotterdam.

In gezinsvervangend tehuis de Hoekstêe (Rotterdam - Schiebroek) ontstaat een nieuwe vorm van zorg onder het overigens voor alle burgers geldende motto: ‘iedereen moet zo lang mogelijk in zijn eigen huis kunnen blijven wonen’. Verpleeghuis De Rustenburgh staat medewerkers af, die in de Hoekstêe aanvullende verpleeghuiszorg bieden aan vier ouder wordende cliënten van Paus Johannes XXIII. Dit initiatief vindt later elders binnen de stichting navolging.

Op 14 oktober 1996 overlijdt zenuwarts Theo van der Werf. Hij was één van de oprichters van stichting Paus Johannes XXIII.