Vanaf 17 december 1996 hebben de volgende personen zitting gehad in het bestuur van stichting Paus Johannes XXIII:

• E. de Bruin
  algemeen directeur, 1982-1996
  algemeen directeur/bestuurder, 1996-1 juni 2009
• W. de Lege
  directeur organisatie, 1996-1 april 2008
  wnd. algemeen directeur/wnd. bestuurder 1 april 2008-1 juni 2009
  algemeen directeur/bestuurder, 1 juni 2009 - 31 december 2009