In de loop van 2003 ondergaat stichting Paus Johannes XXIII een wijziging in de structuur van de organisatie. Voortaan wordt het werk niet meer georganiseerd vanuit de gezinsvervangende tehuizen. Het werkgebied wordt in stukken (rayons) verdeeld, waarbinnen steunpunten voor cliënten (sommige gecombineerd met een eetkamer) en kantoren voor de medewerkers komen. De dienstroosters verdwijnen, de medewerkers zijn zelf verantwoordelijk voor de organisatie van de ondersteuning van de cliënten die aan hen zijn toegewezen. Het doel: zorg en ondersteuning zo dicht mogelijk bij de cliënt.

In december 2003 opent Kinder- en jeugdhotel De Buren in Berkel en Rodenrijs zijn deuren. Kinderen en jongeren (ook die met een meervoudige handicap) zijn er welkom voor één of meer dagen logeren. Het hotel fungeert ook als crisisopvang.